José Guillermo Godoy es fundador y presidente de la Fundación Federalismo y Libertad (FyL), uno de los think tanks más destacados de América Latina según el Global Go To Think Tank Index del Lauder Institute de la Universidad de Pennsylvania. Bajo su liderazgo, ha impulsado la expansión de los programas de FyL en diversas ciudades de América Latina y Estados Unidos, lo que dio origen a FyL Internacional (Antara Network). Integra además la Mesa Directiva de la Red Liberal de América Latina (RELIAL).
Desde estas posiciones, ha interactuado con actores relevantes del sistema político latinoamericano, incluyendo expresidentes, altos funcionarios de organismos internacionales, ministros, autoridades académicas y universitarias, consultores, líderes de opinión y reconocidos intelectuales públicos. En Argentina es especialista en análisis político a nivel nacional y subnacional, y es ampliamente reconocido por su extensa red de vínculos, que incluye gobernadores, intendentes, legisladores nacionales, funcionarios de distintos niveles, cámaras empresarias, medios de comunicación y representaciones diplomáticas.
Es abogado por la Facultad de Derecho de la Universidad Nacional de Tucumán, con especialización en política y sociedad, y realizó estudios de Historia en la Universidad Torcuato Di Tella. Fue distinguido con la beca de la Maestría Ejecutiva en Estudios de Asia-Pacífico de la Universidad Tamkang, otorgada por el Ministerio de Relaciones Exteriores de la República de China (Taiwán).
Sus áreas de competencia incluyen la historia política reciente de América Latina —especialmente de Argentina y Venezuela—, el análisis político a nivel nacional y subnacional, y el estudio del impacto de las potencias autocráticas en la región, con atención en sus efectos sobre la democracia, las instituciones y el diálogo político. Participó en programas de formación en Alemania, Estados Unidos y Taiwán, y ha dictado cursos y conferencias en numerosas universidades de América Latina. Entre 2008 y 2012 fue Director General de Junior Achievement Tucumán. En 2021 cofundó Liberty + Foundation, organización sin fines de lucro registrada como 501(c)(3) en los Estados Unidos.
Desde 2005 publica artículos de opinión en medios de Argentina y América Latina.